La polizia restringe il cerchio su tre sospettati che si sono avvicinati alla vittima poco prima del decesso. Conan, mentre risolve il caso, osserva con sospetto l'atteggiamento ambiguo di Jodie, la quale si rivolge a lui chiamandolo per la prima volta "Cool Guy". Una volta conclusa l'indagine, l'insegnante effettua una misteriosa telefonata informando il suo interlocutore di aver individuato uno degli obiettivi; rivela inoltre che il soggetto frequenta la scuola e che ha deciso di assegnargli il nome in codice "Rotten Apple".