Il ritrovamento delle ossa nel bosco sembra ricondurre alla misteriosa scomparsa di uno studente avvenuta anni prima. Tuttavia, la quiete della pensione viene nuovamente infranta durante la notte dall'omicidio di un altro ospite, mentre il sabotaggio delle linee telefoniche isola completamente l'edificio. Conan indaga sul collegamento tra il vecchio caso e il nuovo delitto, riuscendo a smascherare il colpevole. Al termine delle indagini, il piccolo detective osserva l'ispettore Yamamura comporre un numero sul cellulare e scopre che il prefisso corrisponde alla prefettura di Tottori, dove vive la nonna dell'agente. Conan rimane profondamente turbato dalla melodia dei tasti, che ricollega al numero del boss dell'Organizzazione, sotto lo sguardo sempre più sospettoso di Ai.