Conan, Ai, Agasa e i Giovani Detective raggiungono un rifugio montano per un progetto scolastico di scienze. L'atmosfera tranquilla viene turbata nel cuore della notte da grida spaventose provenienti dai dintorni. Il mattino seguente, scrutando l'area con un cannocchiale, Genta scorge una delle ragazze incontrate precedentemente riversa al suolo con ferite evidenti. Conan si precipita sul luogo del ritrovamento, ma può solo constatare il decesso della giovane. Il piccolo detective inizia a esaminare la zona circostante, sospettando che l'assassino abbia sfruttato l'oscurità e l'isolamento del rifugio per compiere il delitto, cercando di mascherare l'omicidio dietro un'apparente aggressione selvaggia.