Rumi Wakasa entra nello staff della scuola Teitan come nuova maestra e richiede l'assistenza dei Giovani Detective per recuperare del materiale nel vecchio magazzino dell'istituto. Durante l'ispezione, Conan scopre sotto una botola i resti scheletrici di un uomo, il quale stringe tra le dita un'enigmatica scitala. Il preside informa i ragazzi che l'epoca del decesso coincide con una massiccia operazione di polizia volta alla cattura di una banda di rapinatori, le cui tracce si erano perse proprio nei pressi della scuola. Conan e i suoi amici iniziano a decifrare il codice avvolto sul bastone, sospettando che il defunto fosse un membro della banda e che il messaggio indichi il nascondiglio del bottino mai recuperato.