우연히 길고양이가 물고 가던 종이를 발견한 코난과 어린이 탐정단. 찢긴 종이에는 살려달라는 내용의 메시지가 적혀 있었다. 한편, 잠복을 마치고 돌아가는 길에 우연히 마주친 오토바이 운전자에게 주의를 주던 사토 형사와 타카기 형사는 의도치 않게 작전 중이던 경찰을 방해하고 만다. 그 오토바이 운전자는 아이를 납치하고 몸값을 받으러 왔던 납치범이었다. 사토와 타카기는 다급히 다시 오토바이를 쫓다가 가나가와현까지 가게 되고, 마침 교통 검문 중이던 하기와라 치하야의 도움으로 위기에서 벗어나는데...