Sinds hun ontstaan beschermen de cyborgsoldaten de mensheid al meer dan een halve eeuw tegen diverse vijanden die de vrede bedreigen. Maar de strijd gaat door: een groep van negen cyborgs, genaamd "Nemesis", is opgedoken. Zij zijn ervan overtuigd dat 009 en zijn kameraden alleen geen vrede in de wereld kunnen brengen. Onder leiding van Graviton, de cyborg die de zwaartekracht kan manipuleren, wat is hun uiteindelijke doel? Zullen we getuige zijn van een generatieverandering?!