La quiete notturna della scuola elementare Teitan è turbata da una serie di eventi inspiegabili e sinistre apparizioni che alimentano voci su presunte presenze paranormali all'interno dell'istituto. Convinti che dietro questi misteri si nasconda in realtà un'attività umana sospetta, i Giovani Detective decidono di introdursi nell'edificio dopo l'orario di chiusura per condurre un'indagine approfondita. Tra corridoi deserti e aule silenziose, Conan dovrà distinguere la realtà dalle suggestioni dei suoi compagni per scoprire chi si aggiri furtivamente nella scuola e quali siano le sue reali intenzioni.