Durante una gita al parco naturale delle gru, Kogoro, Ran e Conan stringono amicizia con l'appassionato responsabile della riserva. La giornata viene però funestata dal ritrovamento del corpo senza vita dell'uomo. Il caso sembra chiudersi rapidamente quando un conoscente della vittima confessa l'omicidio, ma Conan intuisce che l'uomo sta mentendo per proteggere qualcuno. Indagando sui segreti della famiglia e sui legami di sangue, il piccolo detective scopre un piano crudele ordito dal fratello della vittima, il quale ha manipolato le prove e i sensi di colpa dei parenti per far ricadere la responsabilità su un innocente. Conan dovrà rivelare la verità per evitare che un uomo onesto finisca in prigione per un crimine non commesso.