Kogoro, Ran e Conan si recano a Beppu per rintracciare la figlia di un imprenditore, presumibilmente vittima di un ricatto dell'ex fidanzato. Conan localizza la ragazza in un albergo, dove lei dichiara terrorizzata di aver avvistato un "oni" dagli occhi rossi fuori dalla finestra. La situazione precipita durante la notte: la giovane svanisce e il padre riceve una richiesta di riscatto. Il rapitore utilizza un drone per prelevare il denaro da un'altura; Conan, con un gesto temerario, riesce ad aggrapparsi al velivolo radiocomandato per farsi condurre al nascondiglio. Contemporaneamente, gli ispettori Sato e Takagi raggiungono la prefettura di Ōita per indagare su una rapina, ignari che i due casi stiano per intrecciarsi in un unico e pericoloso inseguimento.