L'ispettore Yamato comunica a Kogoro che i soccorsi raggiungeranno la chiesa entro tre ore. Mentre la tensione sale, i sospetti convergono su Nishino, l'ideatore del sorteggio delle mentine, il quale si isola in una stanza dopo un violento scatto d'ira. Conan riesce finalmente a decifrare l'enigma dei codici, rivelando la reale natura dei delitti. Nishino tenta un'ultima mossa, attirando un compagno nel suo rifugio con il pretesto di svelare l'identità dell'assassino, ma il team di Kogoro interviene prontamente. Conan smaschera l'ingegnoso metodo meccanico utilizzato dal colpevole per colpire a distanza e manipolare i sorteggi. Con l'arrivo della polizia di Nagano, l'ispettore Morofushi incrocia nuovamente Toru Amuro, rivolgendogli uno sguardo carico di significati taciuti che suggerisce il riconoscimento del legame tra l'agente e il suo defunto fratello.