Kogoro viene ingaggiato per far luce sulla morte di una giovane donna, il cui corpo è stato rinvenuto ai piedi di uno dei millenari e leggendari alberi dell'isola di Yakushima. Giunti sul posto, Conan, Ran e Kogoro avviano gli interrogatori dei sospettati, ma l'indagine prende presto una piega inquietante. Immergendosi nella cultura ancestrale e nelle tradizioni mistiche dell'isola, il gruppo assiste a eventi inspiegabili che sembrano intrecciare la realtà con il sovrannaturale. Conan inizia ad analizzare l'ecosistema e le leggende locali, sospettando che l'assassino stia sfruttando l'aura sacra della foresta e le credenze popolari per terrorizzare i testimoni e nascondere un crimine brutalmente terreno dietro il velo di un'antica maledizione.