Kogoro, Ran e Conan rimangono appiedati a causa dell'esaurimento del carburante e accettano un passaggio da un gruppo di studenti universitari. Giunti a destinazione, uno dei ragazzi tenta di svegliare il professor Doto, rimasto addormentato sul sedile posteriore, solo per scoprirne con orrore il cadavere. Sebbene l'ispettore Megure ipotizzi inizialmente un decesso per cause naturali o un tragico incidente durante il sonno, Conan nota delle anomalie nella posizione del corpo e nella temperatura dell'abitacolo. Il piccolo detective sospetta che l'omicidio sia stato compiuto durante il tragitto sotto gli occhi degli ignari passeggeri, e inizia ad analizzare gli spostamenti degli studenti per individuare chi abbia approfittato dell'oscurità e del silenzio per eliminare il docente.