Le indagini a Kanazawa rivelano che il sequestro era in realtà un’abile messinscena orchestrata da Manabu, il quale riesce però a dileguarsi prima della cattura. La situazione degenera il mattino seguente quando Soichi, il padre di Mari, viene rinvenuto vittima di una brutale aggressione. La polizia concentra immediatamente le ricerche sul fuggitivo Manabu, ritenendolo l'unico responsabile del ferimento. Tuttavia, Conan nota delle incongruenze nella dinamica dell'assalto e inizia a sospettare che qualcuno stia approfittando della fuga del ragazzo per regolare vecchi conti in sospeso con Soichi, cercando di far ricadere ogni colpa sul presunto rapitore.