Conan e i Giovani Detective rinvengono un libro della biblioteca a cui è stata strappata una pagina in modo sospetto. Basandosi sulla testimonianza di una compagna di classe, i ragazzi avviano un'indagine per identificare il responsabile dell'atto vandalico. Nel frattempo, la maestra Kobayashi lancia l'allarme per la sparizione di una pietra preziosa custodita nell'aula di scienze per scopi didattici. Conan intuisce che lo strappo della pagina e il furto del gioiello potrebbero essere collegati, sospettando che il libro contenesse informazioni cruciali per localizzare o trafugare l'oggetto. I piccoli investigatori dovranno unire gli indizi per smascherare il colpevole all'interno della scuola.