Mentre si trova nella biblioteca scolastica, la maestra Kobayashi rinviene casualmente un vecchio biglietto scritto da Ran ai tempi della prima elementare. Il ritrovamento spinge Conan a rievocare un ricordo d'infanzia risalente a dieci anni prima: un'avventura notturna vissuta insieme a Ran proprio tra quegli scaffali. In quell'occasione, i due piccoli amici si erano introdotti furtivamente nell'edificio per far luce su alcune inquietanti testimonianze riguardanti le apparizioni di un fantasma tra i corridoi deserti. Inizia così il racconto di una sfida deduttiva del passato che vede un giovanissimo Shinichi alle prese con il suo primo vero mistero e con un enigmatico personaggio che sembrava metterlo alla prova.