Un violento temporale blocca Kogoro, Ran e Conan nella stazione rurale di Ōfumoto, insieme ad altri passeggeri in attesa dei treni per Tokyo. Dopo una sosta alle terme locali, Kogoro rinviene nella giacca un inquietante messaggio che preannuncia un imminente omicidio e invoca soccorso. La minaccia si concretizza poco dopo, quando la segretaria di un politico viene rinvenuta assassinata all'esterno dell'edificio e una giovane dipendente della stazione viene brutalmente stordita. Conan analizza le discrepanze nel comportamento del personale ferroviario e scopre che il capostazione è un impostore. Il movente rivela un tragico dramma familiare: l'uomo ha orchestrato la strage per vendicare il figlio, spinto al suicidio dopo essere stato ingiustamente accusato di corruzione proprio dal deputato e dalla sua segretaria.