Diciassette anni prima, Kuroda mette in salvo Asaka nascondendola in una valigia, ma un violento incidente stradale lo manda in coma per un decennio, permettendo alla ragazza di fuggire. Nel presente, Conan decifra il messaggio di Amanda Hughes: un avvertimento sugli occhi di Rum. Kuroda conferma di aver incrociato quella notte un uomo con un occhio "da serpente". Intanto, scatta la trappola dell'Organizzazione: Chianti e Korn scambiano la maestra Kobayashi per Rumi (Asaka) a causa dell'ombrello. Rum intuisce l'errore un istante prima che la vera Rumi, appostata in un edificio vicino, ferisca Chianti con un fucile di precisione. Dopo la ritirata dei "Neri", Rum valuta di usare l'APTX per rigenerare il proprio occhio, sospettando degli effetti ringiovanenti del farmaco. Nel finale, Conan aggiorna Akai sull'identità di Rumi, mentre Shuichi rivela che il padre Tsutomu fu coinvolto nel caso proprio su richiesta della famiglia Haneda.