Kogoro conclude le indagini sull'isola di Yakushima convincendosi della colpevolezza di Tsukada, basandosi su prove apparentemente schiaccianti. Tuttavia, Conan e Ran non condividono la sua certezza: il piccolo detective nota delle sottili contraddizioni negli orari degli spostamenti e nella dinamica del delitto, che sembrano scagionare il principale sospettato. Mentre l'atmosfera mistica della foresta millenaria continua a influenzare i presenti, Conan analizza minuziosamente gli elementi naturali raccolti sulla scena del crimine. Il protagonista dovrà agire rapidamente per correggere l'errore di Kogoro e smascherare il vero assassino, il quale ha abilmente manipolato le tradizioni dell'isola per far ricadere ogni colpa su un innocente.