Durante una vacanza a Kyoto, Kogoro, Ran, Conan e i Giovani Detective scoprono che i celebri dolci wagashi sono misteriosamente spariti da ogni rivendita. Il presidente dell'azienda produttrice richiede l'intervento di Kogoro, affiancato dall'ispettore Ayanokoji. Inizialmente i sospetti ricadono su una ragazza di Osaka, ma Mitsuhiko ne prova l'innocenza. Conan, approfittando del fatto che Kogoro sia privo di sensi dopo un rimprovero di Ran, svela il bizzarro movente del delitto: i due chef dell'azienda hanno simulato il furto di dolci mai realizzati per onorare la memoria del defunto fondatore, che detestava quel particolare prodotto. Il caso si chiude con un gesto di clemenza del presidente, ma l'atmosfera si fa cupa nel finale: mentre il gruppo riposa, una nave carica di spie e materiale esplosivo si avvicina furtivamente alla baia di Maizuru, minacciando la sicurezza della nazione.