Preoccupati per la sua prolungata assenza da scuola, Agasa, Conan e i Giovani Detective si recano a casa di Mitsuhiko, scoprendo dalla sorella che il bambino è uscito di casa all'alba senza dare spiegazioni. Grazie alle testimonianze di alcune persone che ricordano un ragazzino con un berretto e un forte odore di repellente al limone, il gruppo riesce a rintracciarne gli spostamenti fino a una fitta zona boschiva. Qui incontrano l'ispettore Yamamura, impegnato in una pericolosa operazione: nel bosco si nasconde infatti Numabuchi, lo spietato assassino già noto alla polizia, riuscito a fuggire durante un trasferimento. Conan deve agire in fretta per ritrovare Mitsuhiko prima che incroci il cammino del latitante.