Conan decifra gli enigmi che avvolgono la villa, risolvendo simultaneamente il recente omicidio del proprietario e il misterioso delitto rimasto insoluto dall'anno precedente. Smontata la messinscena del finto suicidio, il piccolo detective assicura il colpevole alla giustizia. Tuttavia, l'atmosfera di successo viene subito turbata da un'osservazione inquietante: Conan nota nel comportamento di Eisuke Hondo delle reazioni anomale e uno sguardo cupo, del tutto estranei alla sua solita goffaggine. Il bambino inizia a sospettare che il ragazzo nasconda una determinazione pericolosa e che la sua ricerca della sorella stia per giungere a un punto di svolta drammatico.