Mentre il pericolo sembrava scampato, Sonoko rimane vittima di un secondo, misterioso incidente che mette nuovamente a rischio la sua vita. Durante i tentativi di proteggerla, Ran e Conan si accorgono con inquietudine di essere costantemente pedinati da un uomo furtivo che osserva ogni loro spostamento. Il piccolo detective deve capire se l'individuo sia il maniaco che attenta alla vita di Sonoko o se si tratti di Makoto Kyogoku, il ragazzo conosciuto in precedenza, la cui ambigua presenza solleva ora pesanti sospetti sulla sua reale identità e sulle sue intenzioni.