L'improvvisa e misteriosa sparizione della maestra Sumiko Kobayashi getta la classe nel panico, mentre nell'aula compaiono degli enigmatici messaggi in codice. Mentre i Giovani Detective iniziano a temere il peggio, Conan analizza la struttura dei messaggi e intuisce rapidamente la realtà dei fatti: non si tratta di un rapimento, bensì di un'ingegnosa caccia al tesoro didattica orchestrata dalla donna. L'obiettivo dell'insegnante è spingere gli studenti a collaborare tra loro per risolvere gli enigmi, utilizzando il gioco come strumento per favorire l'integrazione dei nuovi alunni e rafforzare lo spirito di squadra all'interno della classe.