Mentre si trovano al Café Poirot, Kogoro e Conan vengono informati del ritrovamento di un cellulare che ha ricevuto diverse chiamate minatorie. L'agente Yumi interviene rivelando che il proprietario del telefono è stato appena rinvenuto cadavere, con addosso uno scontrino del bar. Il gruppo avvia un'indagine per risalire all'identità della vittima e al misterioso interlocutore. Durante le ricerche, Conan viene assalito dal rimorso: ripensa al suo drammatico confronto con Vermouth e alla preziosa occasione sfumata di ottenere il numero di telefono e l'ubicazione del nascondiglio del boss dell'Organizzazione, un segreto che avrebbe potuto cambiare le sorti della sua lotta contro gli Uomini in Nero.