In un isolato borgo portuale della prefettura di Kyoto, quello che sembrava un singolo omicidio isolato si trasforma in un duplice delitto efferato. La seconda morte, avvenuta in circostanze altrettanto oscure, getta la piccola comunità nel terrore e complica drasticamente le indagini di Kogoro. Conan nota che le modalità dei due delitti sono speculari e sospetta un collegamento con le attività marittime della zona o con un antico segreto custodito tra i pescatori. Il piccolo detective deve agire rapidamente per individuare l'assassino, convinto che il killer stia eliminando sistematicamente chiunque sia a conoscenza di una verità scomoda sepolta nel porto, prima che la scia di sangue si allunghi ulteriormente.