Ai rivela a Conan che Numabuchi era stato reclutato dall'Organizzazione, ma giudicato inidoneo come sicario, era stato destinato a lei come cavia per i test sull'APTX4869. La ragazza confessa con preoccupazione di temere che il suo sesto senso nel percepire i membri dei "Neri" si stia indebolendo. Mentre la polizia riesce a catturare il latitante, Mitsuhiko viene finalmente ritrovato sano e salvo; il bambino spiega commosso di essersi avventurato fin lì solo per catturare delle lucciole, sperando di fare un regalo speciale ad Ai e Ayumi.