Mentre esplorano i segreti del castello, Conan e il Professor Agasa svaniscono nel nulla senza lasciare traccia. Rimasti soli e preoccupati per la sorte dei loro mentori, i Giovani Detective decidono di prendere l'iniziativa; guidati dalla freddezza e dall'intuito di Ai Haibara, i bambini iniziano una rischiosa operazione di ricerca tra i corridoi oscuri del maniero, decisi a scoprire quali pericoli si celino dietro le pareti della dimora e dove siano stati segregati i loro compagni.