Sotto l'occhio vigile di Gin e Vodka, Rena Mizunashi è costretta a sparare a Shuichi Akai, facendo poi esplodere la sua vettura per cancellare ogni traccia. La notizia del tragico incidente al Passo di Raiha raggiunge l'FBI, gettando gli agenti nello sconforto. Per confermare l'identità della vittima, Jodie e James confrontano le impronte del cadavere carbonizzato con quelle lasciate da Akai sul cellulare di Conan; l'esito positivo sembra sancire la fine definitiva del leggendario agente. Tuttavia, quando Jodie restituisce il telefono a Conan, il bambino nota un dettaglio fondamentale: il numero seriale del dispositivo è diverso dal suo. Nonostante il dolore dei federali, Conan mantiene una calma imperturbabile, lasciando presagire che la realtà dei fatti sia ben diversa da quella apparente.