Il bambino rapito, sfruttando la sua intraprendenza, riesce a lanciare segnali alla folla per attirare l'attenzione. Conan e i Giovani Detective, supportati da un dipendente della società colpita dal furto di dati, analizzano le testimonianze dei passanti e riescono a individuare il nascondiglio dei sequestratori. Nel frattempo, Kogoro e la polizia organizzano un appostamento nel luogo previsto per lo scambio del riscatto, riuscendo a catturare l'esecutore materiale del rapimento. Tuttavia, Conan intuisce che la dinamica dei fatti nasconde un secondo colpevole: il piccolo detective sospetta che all'interno dell'azienda ci sia un complice che ha guidato le mosse dei criminali, e si mette all'opera per smascherare l'insospettabile mente dietro l'intero piano.