Mentre Kogoro inizia a nutrire sospetti sull'assenza prolungata dei genitori di Conan, una donna misteriosa si presenta all'ufficio dichiarando di essere la madre del bambino. Conan, consapevole che si tratti di un'impostora ma impossibilitato a parlare per non coinvolgere Ran, accetta di seguirla. Una volta soli, la donna rivela di appartenere alla temibile Organizzazione e di conoscere la sua vera identità: Shinichi Kudo. Dopo una fuga disperata e un fallito tentativo di chiedere aiuto al Professor Agasa, Conan viene catturato e addormentato. Al suo risveglio, scopre di essere prigioniero di un uomo mascherato che intende utilizzarlo come cavia. Quello che sembra il capitolo finale della sua vita si rivelerà però una lezione magistrale orchestrata dai suoi genitori, Yusaku e Yukiko, per metterlo in guardia sulla pericolosità della sua missione solitaria.