Mitsuhiko è in ansia per la misteriosa assenza di un'amica d'infanzia che, prima di mancare all'appuntamento, gli aveva confidato di voler richiedere l'intervento della Squadra dei Giovani Detective. La preoccupazione di Conan sale drasticamente quando scopre l'incredibile somiglianza fisica tra la scomparsa e Ai Haibara: il piccolo detective teme che l'Organizzazione possa aver commesso un errore di persona e rapito la ragazza scambiandola per Sherry. Il clima di sospetto si intensifica con l'arrivo a scuola di un nuovo insegnante, il quale sembra nutrire un interesse anomalo per le ricerche dei bambini e per la stessa Ai. Conan deve agire con estrema cautela per ritrovare l'ostaggio senza attirare l'attenzione dei "Neri".