Presso il tempio di Yoshida Shōin, i Giovani Detective intervengono per soccorrere una donna vittima di un'aggressione. La vittima confida a Kogoro che il malvivente mirava al taccuino di suo nonno, contenente una serie di complessi enigmi che porterebbero a un tesoro nascosto. Incuriositi dalla sfida, Kogoro, Ran e i ragazzi decidono di affiancarla nella ricerca, ma la situazione precipita: due uomini misteriosi entrano in azione, sequestrando la donna insieme ad Ai e Mitsuhiko. Conan deve ora decifrare rapidamente i codici del nonno per localizzare il nascondiglio dei rapitori e trarre in salvo i suoi compagni prima che i criminali mettano le mani sulla refurtiva.