Genta manifesta un comportamento insolito e timoroso, spingendo i Giovani Detective a seguirlo di nascosto per scoprirne il motivo. I ragazzi si rendono conto che il loro compagno è nel mirino di un individuo misterioso che lo pedina costantemente con intenzioni omicide. Conan interviene per identificare l'aggressore e neutralizzare la minaccia, scoprendo il movente legato a un evento a cui Genta aveva assistito senza rendersene conto. Al termine del caso, Ai confida a Conan un dettaglio fondamentale per le sue ricerche sull'Organizzazione: Gin, il suo acerrimo nemico, è mancino.