Il misterioso riaffioramento di un antico battello carico d'oro, scomparso anni prima, scuote una piccola comunità isolana. Il sindaco decide di richiedere l'intervento di Kogoro per rintracciare il prezioso tesoro, e il detective accetta l'incarico portando con sé Ran e Conan. La missione prende però una piega inquietante quando una figura mascherata da Shogun aggredisce Kogoro nel cuore della notte. Durante l'inseguimento del sospettato verso il porto, il detective viene colpito e perde i sensi. Al suo risveglio, Kogoro si ritrova protagonista di un incubo: accanto a lui giace il cadavere del custode del faro e, a causa delle circostanze, la polizia locale inizia a sospettare proprio di lui. Conan dovrà agire nell'ombra per scagionare il suo tutore e scoprire chi sta cercando di incastrarlo.