Tre professionisti si rivolgono a Kogoro per rintracciare Suguru Itakura, un geniale programmatore di software sparito nel nulla. Analizzando le testimonianze, Conan scopre con sconcerto che l'ingegnere era terrorizzato dopo essere stato avvicinato da Tequila, un membro dell'Organizzazione. Le indagini portano Kogoro a individuare l'albergo dove l'uomo si nascondeva sotto falso nome. Tuttavia, quando il gruppo riesce finalmente a entrare nella sua stanza, Itakura viene rinvenuto cadavere. Conan deve ora risolvere il caso d'omicidio per recuperare il diario e il computer della vittima, sperando di trovarvi indizi preziosi sui progetti dei "Neri".