Ran e Sonoko visitano Jodie in ospedale. Ran ammette di aver sospettato dell'insegnante dopo il ritrovamento delle foto segrete di Conan e Shinichi, spiegando di essersi nascosta nella sua auto proprio per ottenere risposte. Per tutelare il segreto di Conan, Jodie e James Black inventano una versione di copertura sui fatti del molo, spacciandoli per un caso di rapimento sventato. Successivamente, Jodie propone ufficialmente ad Ai di entrare nel programma protezione testimoni dell'FBI per sfuggire definitivamente ai "Neri". Intanto, i Giovani Detective assistono alla fuga di un aggressore che ha appena ferito una ragazza; l'unico indizio è il marchio a forma di "S" impresso per errore sulla mano di Ayumi. Conan intuisce che si tratta del logo di un'auto, restringendo il campo delle ricerche per identificare il colpevole.